Organisasi mahasiswa ini bernama Keluarga Besar Mahasiswa STAI Mathali’ul Falah Pati yang disingkat KBM STAIMAFA didirikan di Pati pada tanggal 9 Oktober 2012 M.
KBM STAIMAFA berasaskan Pancasila, UUD 1945, nilai-nilai pesantren, kebebasan akademis, keterbukaan dan kebenaran ilmiah.
Landasan dasar operasional BEM STAIMAFA adalah AD/ART BEM STAIMAFA, Statuta STAIMAFA dan peraturan lain yang terkait serta kebijakan dari lembaga
